일반적으로 임질균은 저항력이 있는 일부 변종을 제외하고는 항생제로 간단히 치료됩니다. 따라서 임질균이 치료약에 내성이 생기지 않았다면 여전히 치료됩니다. 하지만 만약 재발시에도 반복적으로 약을 끊었다가 먹는다면 내성이 생긴 강한 변종이 될 가능성이 있습니다.

 일반적인 임질의 치료에 대해서 말씀을 드리면, 임질은 임질의 치료는 성 상대자를 함께 치료해야 합니다. 이는 임질에 감염된 사람은 처음 보균자와 접촉한 시점부터 치료가 완전히 끝날 때까지 다른 사람에게 전염시킬 가능성이 있다고 간주하기 때문입니다. 즉, 남자 임질 환자의 여성 배우자를 증상 여부나 검사 결과에 관계없이 무조건 치료에 포함시켜야 합니다. 또한 임질의 경우 비임균에 의한 복합 감염이 30%정도이므로 치료는 임균, 비임균성 요도염을 같이 치료해야 합니다. 세프트리악손 (Ceftriaxone)을 근주하고 독시사이클린 (Doxycycline)을 복용하는 것이 가장 교과서적이며 권장하는 치료 방법입니다. 주사가 싫은 분은 시프로플록삭신(Ciporfloxacin) 을 복용하고 독시사이클린 (Doxycycline)을 복용하는 방법도 있으나 주사보다는 권장되지 않습니다.

임질의 치료시에 다음과 같은 사항을 꼭 지켜야 하는데, 첫째, 지시한 대로 약을 복용하여야 하며, 둘째, 성관계를 한 모든 상대가 검사와 치료를 받아야 합니다. 셋째, 환자와 배우자의 치료가 완전히 완료될 때까지 성교를 하지 않아야 하며, 넷째, 치료 후에 증상이 다시 생기면 다시 검사해야 합니다. 이는 치료 후에 증상이 재발하는 원인은 치료가 불충분한 경우보다는 다시 감염되는 경우가 대부분입니다.
 한편 임질을 예방하는 방법으로는, 성관계는 감염되지 않은 한 사람의 파트너로 제한해야 하며, 질, 구강, 항문 성교시에 콘돔을 사용하는 것입니다. 콘돔은 삽입 전부터 성교가 끝이 날 때까지 착용해야 하는데 왜냐하면 임질은 음경이나 혀가 질, 입, 항문에 완전히 삽입되지 않은 상태에서도 전염될 수 있기 때문입니다.

만일 적절한 치료가 이루어지지 못했을 경우에 남성에서는 임질 후 요도 협착, 요도 주위염, 부고환염, 전립선염, 불임이 생길 수 있고 여성에서는 임균성 자궁경부염, 질주위염, 방광염, 난관염, 골반장기염, 불임 등의 합병증을 초래할 수 있습니다. 약 1%에서 임질균이 혈액을 따라서 전신에 퍼지게 되어 패혈증이 발생할 수도 있습니다.